Η Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών είναι αρμόδια για το χειρισμό όλων των θεμάτων και διαδικασιών που αφορούν την κατάρτιση, την υλοποίηση και την παρακολούθηση της εκτέλεσης του Προϋπολογισμού του Οργανισμού, για την εκκαθάριση και την πληρωμή όλων των δαπανών αυτού. Επιπλέον, μπορεί να αναλάβει καθήκοντα αξιοποίησης της δημοτικής περιουσίας των δήμων-μετόχων.

Με βάση τα ασυμβίβαστα που θέτει ο ν. 4270/2014, στη Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών έχουν αποδοθεί με αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου διακριτά καθήκοντα διατάκτη, προϊσταμένου οικονομικών υπηρεσιών (ΠΟΥ), ταμία και υπολόγου στο υφιστάμενο προσωπικό.

Η Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών μπορεί να ορίζεται «υπόλογος διαχειριστής έργου» σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 5140/2024.